Sundhedsaftaler er aftaler om samarbejdet mellem Region Hovedstaden og regionens kommuner om blandt andet indsatsen over for mennesker med sindslidelser.
Samarbejdsaftalerne fastlægger hvem, der gør hvad i de forskellige faser i et behandlingsforløb.Samarbejdsaftalerne bliver i løbet af sommeren behandlet politisk i kommuner og region, inden de sendes til Sundhedsstyrelsen til godkendelse den 1. oktober 2008.